To zbiór zasad, którymi kierują się wyszukiwarki w celu przedstawienia w odpowiedniej kolejności wyników wyszukiwania. Algorytm określa, jakie witryny wyświetlą się na stronie z wynikami wyszukiwania po wpisaniu frazy kluczowej przez użytkownika. Celem całego mechanizmu jest usytuowanie stron najbardziej wartościowych na najwyższych miejscach w wynikach. To właśnie według algorytmów silniki wyszukiwarek ustalają wartość PR (Page Rank) strony internetowej.

Każda wyszukiwarka posiada swój algorytm. Najpopularniejszym, wykorzystywanym przy SEO algorytmem jest algorytm wyszukiwarki Google. Jest on stale rozwijany i modyfikowany, przez co nie jest to zjawisko do końca pożądane dla pozycjonowania. Ani zmiany w algorytmie, ani sam algorytm nie jest ujawniany i nie jest do końca wiadomo, co będzie decydowało o pozycji stron w przyszłości.

Algorytm wyszukiwarki opisuje między innymi, które czynniki i w jakim stopniu mają wpływać na wyniki zapytań. Do najważniejszych czynników branych zazwyczaj pod uwagę przez większość popularnych wyszukiwarek internetowych należą:

          - Liczba i jakość linków prowadzących do strony

 Jeśli duża ilość stron internetowych ma w swojej treści linki prowadzące do jednej witryny, musi być ona wartościowa. Ważna jest również jakość linku. Jego siła zależy od pozycji strony, na której się on znajduje. Jeżeli i ta strona jest mocno „podlinkowana”, siła linku jest duża. Do pewnego czasu o pozycji strony decydował także przyznawany przez wyszukiwarkę PageRank określający jakość strony, który obecnie traci na znaczeniu.

         - Treść strony

 Treść strony internetowej powinna być wartościowa i spójna ze słowami kluczowymi. Treść powinna być unikatowa – nie może być kopią już istniejącej strony w sieci. Istotne jest również to, aby strona była bogata w treść.

         - Domena

 Algorytm Google bierze również pod uwagę wiek domeny (czas jej istnienia w Internecie od momentu jej zindeksowania przez wyszukiwarkę), pod którą znajduje się strona internetowa. Im domena starsza, tym ma większe szanse na wysokie pozycje w wynikach wyszukiwania.